Zgodnie z przepisami rozporządzenia w sprawie wystawiania faktur, fakturę korygującą wystawia się w przypadku:

• udzielenia rabatów po wystawieniu faktury,
• zwrotu sprzedawcy towarów oraz zwrotu nabywcy kwot nienależnych,
• zwrotu nabywcy zaliczek, przedpłat, zadatków lub rat, podlegających opodatkowaniu,
• podwyższenia ceny po wystawieniu faktury,
• stwierdzenia pomyłki w cenie, stawce lub kwocie podatku bądź w jakiejkolwiek innej pozycji faktury.

Przepisy określają także, jakie dane powinna zawierać faktura korygująca. W zależności od powodu wystawienia faktury korygującej powinna ona zawierać np. następujące informacje: kwotę i rodzaj udzielonego rabatu, kwotę zmniejszenia podatku należnego, kwotę podwyższenia ceny i podatku należnego, kwoty podane w omyłkowej wysokości oraz kwoty w wysokości prawidłowej.

W wielu przypadkach podatnicy ułatwiają sobie zadanie skorygowania faktur VAT i zamiast skorygować tylko daną pozycję faktury pierwotnej, wystawiają fakturę w korygującą, która w praktyce zeruje fakturę pierwotną, a następnie wystawiają nową fakturę z prawidłowymi danymi. Często dokonanie korekty w inny sposób nie jest w ogóle możliwe ze względu np. na ograniczenia komputerowego systemu finansowo-księgowego, np. brak możliwości skorygowania kilku błędów jednocześnie, brak możliwości wystawienia korekty do już raz skorygowanej faktury.

Pomorski Urząd Skarbowy (24 lutego 2006 r., VI/443-233/06/JD) uznał, że wystawianie faktury korygującej "in minus" na 100 % wartości oraz w tym samym dniu nowej faktury sprzedaży z datą sprzedaży usługi z faktury pierwotnej nie odzwierciedla faktycznego przebiegu zdarzeń i nie jest zgodne z wyżej przywołanymi przepisami. Urząd wskazał także, że ograniczenia systemu komputerowego, z zastosowaniem którego podatnik prowadzi dokumentację niezbędną dla rozliczeń podatku VAT, w żaden sposób nie mogą przyczynić się do prowadzenia ewidencji sprzedaży oraz wystawiania faktur w sposób niezgodny z wymogami przepisów ustawy o VAT.

Podatnicy wystawiają często także faktury korygujące do faktur zaliczkowych a następnie wystawiają fakturę VAT na całą kwotę transakcji. Jest to kolejne ułatwienie dla podatników, ponieważ wystawienie faktury VAT po wcześniejszym wystawieniu faktury zaliczkowej jest bardziej skomplikowane i w wielu systemach finansowo-księgowych niemożliwe. Urzędy skarbowe kwestionują jednak taki sposób wystawiania faktur.

Drugi Mazowiecki Urząd Skarbowy w Warszawie (10 marca 2006 r., 1472/RPP1/443-164/06/SS) uznał, że jeżeli nie wystąpią wskazane w przepisach przesłanki do skorygowania faktury VAT, to podatnik nie ma podstaw prawnych do wystawienia faktury korygującej w celu skorygowania prawidłowo wystawionej faktury zaliczkowej tylko po to, aby wystawić fakturę dokumentującą całość transakcji. Podobne stanowisko zajął także Dolnośląski Urząd Skarbowy (8 maja 2006 r., PP II 443/1/65/260/06). W związku z tym należy uznać, że skorygowanie faktury zaliczkowej do zera jest możliwe tylko, jeżeli sprzedawca dokona zwrotu zaliczki nabywcy.

Drugi Urząd Skarbowy Łódź-Bałuty (29 maja 2006 r., III-2/443-15.2/18489/06/PJ) wskazał także, że jeżeli możliwe jest anulowanie faktury VAT, to należy tego dokonać (poprzez przekreślenie faktur i naniesienie adnotacji „anulowano”) i nie powinno się w takich okolicznościach wystawiać faktury korygującej „do zera”.

Słuszność poglądów urzędów skarbowych potwierdził także WSA w Gdańsku (11 grudnia 2007 r., I SA/Gd 526/07), który uznał za nieprawidłowe postępowanie podatnika, który wystawił faktury korygujące, którymi anulował dokonaną transakcję i wystawione pierwotnie faktury, a następnie wystawił w ich miejsce nowe, w innym miesiącu niż transakcja miała miejsce. Zdaniem sądu taki sposób korekty nie jest adekwatny do przyczyny, która ją spowodowała. Mógłby on mieć zastosowanie jedynie wówczas, gdyby nie doszło do transakcji, bądź zostałaby unieważniona transakcja, którą pierwotne faktury dokumentowały - w przedmiotowej sprawie natomiast błędnie określono stawkę podatku. Sąd wskazał, że w takich okolicznościach przyjęta metoda korekty powinna to wiernie odzwierciedlać - poprzez wskazanie na fakturze stawki błędnej i właściwej oraz prawidłowej kwoty podatku. Tylko taki sposób korekty czytelnie oddaje stan rzeczywisty, tj. ewidentną omyłkę w stawce, a w konsekwencji i w kwocie podatku, która zaistniała już w dacie wystawienia pierwotnej faktury i nie miała żadnego związku z realizacją, czy zmianą terminu dostawy. W ocenie sądu podatnik dokonując korekty wbrew ustawowym zasadom, określił nowy, niezgodny z rzeczywistym moment powstania obowiązku podatkowego.

Reasumując powyższe rozważania należy uznać, że w przypadku konieczności skorygowania faktury, z uwagi na błąd w jakiejkolwiek jej pozycji, czy też udzielenie rabatu lub podwyższenie ceny, nie jest możliwe wystawienie faktury „zerującej” fakturę pierwotna i wystawienie nowej faktury z nowymi wartościami. Takie postępowanie byłoby prawidłowe tylko w przypadku gdyby nie doszło do transakcji, którą faktura dokumentowała a podatnik nie mógłby jej anulować.