Osoby prowadzące działy specjalne mogą wybrać spośród trzech możliwych form opodatkowania. Inne osoby fizyczne, oraz osoby prawne i jednostki organizacyjne nie posiadające osobowości prawnej rozliczają się wyłącznie według zasad ogólnych podatku dochodowego od osób fizycznych albo podatku dochodowego od osób prawnych - stosownie do swojego statusu.

Osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą mogą wybierać spośród następujących form opodatkowania:

• zasady ogólne;
• podatek liniowy;
• podatek tonażowy;
• ryczałt ewidencjonowany;
• karta podatkowa.

Osoby fizyczne uzyskujące przychody z działów specjalnych produkcji rolnej mogą wybrać spośród następujących form opodatkowania:

• normy szacunkowe dochodu rocznego;
• zasady ogólne;
• podatek liniowy (od 2007r, pierwsze oświadczenie o wyborze do 20 stycznia 2007r.).

Wybór formy opodatkowania nie jest jednak nieograniczony:

• zasady ogólne są dostępne dla każdego podatnika,
• podatek liniowy nie jest dostępny dla podatników świadczących usługi na rzecz byłych pracodawców takie, jakie świadczyli na ich rzecz w ramach stosunku pracy w tym albo w poprzednim roku podatkowym (szczegóły w art.9a ust.3 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych);
• podatek tonażowy dostępny jest wyłącznie dla podatników - armatorów (szczegóły w odrębnej ustawie o podatku tonażowym);
• ryczałt ewidencjonowany jest dostępny dla wszystkich podatników z nielicznymi wyjątkami, dotyczącymi określonego przedmiotu działalności, niektórych podatników akcyzy, świadczących niektóre usługi na rzecz byłego pracodawcy, czy też działalności przekazywanej pomiędzy małżonkami (szczegóły w art.6 ust.4 i 6, art.8 ustawy o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne);
• karta podatkowa dostępna jest wyłącznie dla podatników wykonujących określone zawody (szczegóły w art.23, załączniki nr 1,2,3,4 ustawy o zryczałtowanych podatku dochodowym od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne).

Zasady ustalania dochodu w zasadach ogólnych i w podatku liniowym są takie same. W podatku liniowym jednak w zamian właśnie za liniową stawkę podatku 19% podatnicy nie mają prawa do dokonywania niemal żadnych odliczeń od dochodu i podatku związanych z działalnością gospodarczą. W ryczałcie ewidencjonowanym podatek naliczany jest od przychodu (bez uwzględniania kosztów), a w karcie podatkowej - od wielkości miejscowości, przedmiotu działalności i ilości osób zatrudnionych. Podatek tonażowy zależy od tonażu statków armatora.

Ważne dla osób dokonujących wyboru formy opodatkowania jest to, że im bardziej zryczałtowana forma opodatkowania, tym mniejsze obowiązki w zakresie dokumentowania operacji gospodarczych dla celów podatku dochodowego oraz w zakresie księgowości, oraz tym mniejszy związek kwoty podatku z rozmiarem działalności gospodarczej.

Oczywistą argumentem przemawiającym za wyborem określonej formy opodatkowania jest opłacalność wyboru, jednak osoby, które nie radzą sobie z obowiązkami w zakresie dokumentowania operacji gospodarczych, powinny wybierać bardziej zryczałtowane formy opodatkowania, przy których występuje mniej obowiązków. Prowadzenie księgowości można co prawda zlecić biuru rachunkowemu, jednak wiele czynności podatnik zobowiązany jest dokonać we własnym zakresie. Przy zasadach ogólnych można co prawda zmniejszyć podstawę opodatkowania poprzez optymalizację podatkową w zakresie kosztów uzyskania przychodu, jednak prawo podatkowe zawiera szereg uregulowań szczegółowych, wyjątków itp., które mogą rzeczywiście utrudnić życie podatnikowi. Poza tym opłacalność wyboru formy opodatkowania to nie tylko najniższe podatki, ale najniższe koszty prowadzenia działalności w ogóle. Przy niewielkim rozmiarze działalności koszty związane z biurem rachunkowym mogą całkowicie zniweczyć oszczędności związane z wyborem zasad ogólnych czy ryczałtu jako zasad opodatkowania.

Jednak każdy podatnik wraca do zasadniczego pytania: która forma opodatkowania wiąże się z najniższymi obciążeniami podatkowymi. Aby odpowiedzieć na tak postawione pytanie niezbędna jest podstawowa wiedza o prowadzonej czy planowanej działalności gospodarczej:

• wysokość przychodu;
• wysokość kosztów jego uzyskania;
• rozmiar prowadzonej działalności (do karty podatkowej);
• tonaż statków (do podatku tonażowego).

W oparciu o te dane należy ustalić wysokość podatku należnego w każdym wariancie.

Nie należy jednak zapominać, że oprócz zasad opodatkowania można dokonać wyboru odnośnie innych kwestii podatkowych. Można wybrać:

• uproszczony sposób wpłacania zaliczek na podatek dochodowy (stała kwota miesięczna bez deklaracji);
• rozliczenie dochodów z najmu tylko u jednego z małżonków;
• rozliczenie przychodów z najmu tylko u jednego z małżonków (ryczałt ewidencjonowany);
• opłacanie ryczałtu ewidencjonowanego co kwartał.

Na początku roku jest jednak za późno na przejście na kwartalne rozliczenia VAT - oświadczenie składa się ze skutkiem od następnego kwartału. Aby złożyć VAT-7K już za okres 01-03/2006 trzeba było złożyć oświadczenie do 31 grudnia 2005r.